Les bases de données relationnelles MySQL restent LA solution à privilégier pour stocker et interroger vos données avec PHP. Ce tandem permettra la création d'applications web sûres, maintenables et évolutives.
Mon expérience de 3 ans en PHP/MySQL sur des projets de différentes ampleurs (de l'aéroport international à la petite association locale) devrait être un atout majeur pour vous accompagner dans votre projet.